Ο Μανώλης Σιώπης έχει μια ιδιαίτερη θέση στην Εθνική Ελλάδος από το νεαρό της ηλικίας του.
Υπήρξε διεθνής με όλες τις “μικρές” εθνικές ομάδες Παίδων (Κ17), Νέων (Κ-19) και Ελπίδων (Κ21), από το 2010 μέχρι το 2016.
Τον Νοέμβριο του 2016 κλήθηκε για πρώτη φορά στην Ανδρών από τον Μίχαελ Σκίμπε, σε αντικατάσταση του τραυματία Παναγιώτη Ταχτσίδη, για τον αγώνα με τη Βοσνία – Ερζεγοβίνη (προκριματικά Μουντιάλ 2018), χωρίς να αγωνιστεί.
